Cuenta la historia que la primera parroquia en nuestra provincia, debió establecerse en la iglesia de Santa Ana, frente a la Plaza Mayor, tanto en la ciudad de la fundación (1562), como en la del traslado (1593). Lo cierto es que, "a mediados del siglo XVII esta iglesia (Santa Ana) era ya la parroquial de la ciudad, y lo fue hasta 1775 en que se trasladó a la de la Compañía de Jesús, San José (hoy Rivadavia esquina Mendoza), convertida en Iglesia Matriz…”.
También, sabemos que a mediados de ese siglo ya existía en la zona de la primera fundación, un oratorio o capilla con el título de la Inmaculada Concepción en casa de los Balmaceda. Pero recién en el siglo XVIII se arraiga más profundamente la devoción a María en esta sentida advocación mariana. Mérito posiblemente del Presbítero maestro Don Simón Tadeo de Díaz Zambrano, sacerdote salteño que por largas décadas fue cura y vicario de la ciudad de San Juan en su Parroquia de Santa Ana.
Muy pronto esta devoción a María Purísima se populariza gracias también a las familias católicas de entonces, como los Albarracín, Balmaceda, Jofré, Balmaceda Benavidez, Zapata y Castro, Funes Campero, Quiroga Gómez y otras…por lo que la imagen de la Inmaculada por estos años es ya parte de la tradición de las fiestas sanjuaninas.
En 1793 la antigua Capilla del Pueblo Viejo es elevada a la jerarquía de sub parroquia, gracias a los empeños denodados del Presbítero Don José María de Castro Hurtado, quien estuvo a cargo hasta 1814. Pero, luego de una gran inundación el templo es refaccionado y acondicionado para ser erigido parroquia. Esto sucedió en 1819. El primer cura párroco fue el Presbítero chileno Don Juan José Uribe (1819-1833).
Comenta el Dr. Horacio Videla: "Algunos de los párrocos del Pueblo Viejo, hicieron su cursum honoris desde aquella sede hasta la parroquia Matriz, y fueron hombres sobresalientes o de destacada actuación; los presbíteros José Manuel Videla Lima (1839-1847), José María Quiroga Romera (1854-1865) y Salvador Isaac Giles (1865-1867). Pero, ninguno más notable que don José María de Castro Hurtado, capellán del Oratorio de Concepción (1810), antes de convertirse en parroquia, exaltado partidario del Rey, consejero de doña Paula Albarracín y, en el recuerdo de Sarmiento, apóstol fervoroso. Sepultado este santo varón, en su viejo templo, una sentida inscripción en el muro atraía la mirada de aquellos hasta quienes llegaron sus mentas, hasta desaparecer todo vestigio con los escombros de la catástrofe, excepto su generoso recuerdo”.
Siendo ya parroquia, un 8 de diciembre de 1854, el papa Pío IX define solemnemente el dogma de la Inmaculada Concepción de María en la bula Ineffabilis Deus afirmando lo siguiente: "…declaramos, proclamamos y definimos que la doctrina que sostiene que la beatísima Virgen María fue preservada inmune de toda mancha de la culpa original en el primer instante de su concepción por singular gracia y privilegio de Dios omnipotente, en atención a los méritos de Cristo Jesús Salvador del género humano, está revelada por Dios y debe ser por tanto firme y constantemente creída por todos los fieles…". Es decir que, declaraba solemnemente que la Virgen María había sido concebida sin el pecado original. Todo esto, por haber sido elegida Madre del Hijo de Dios.
Con cuánta alegría debió ser recibida ésta noticia. Algo que durante siglos los fieles lo creían y celebraban, ahora era proclamado dogmáticamente.
Nuevo templo
Hacemos un salto al 1925 donde vemos que toda la vida social, cultural y obviamente religiosa giraba en torno a la parroquia. Con templo nuevo con su torre, sus campanas y su reloj, marcaban el ritmo tranquilo del Pueblo Viejo de Concepción. Donde las celebraciones de las fiestas patronales cada 8 de diciembre congregaban cada vez más a grandes multitudes.
Una tarde de enero de 1944 nuestro templo se desploma a causa del terremoto en San Juan que se llevó miles de sanjuaninos. Aquí murió también el párroco Eutiquio Esteban, que en el momento del sismo celebraba casamientos con un grupo de fieles.
Mons. Antonio José López Soler, Cura Párroco desde el 1958 al 1996, tendrá la heroica misión de levantar el nuevo templo parroquial. Luego de grandes esfuerzos, y con el aporte fundamental de alumnos y profesionales del Colegio Parroquial Técnico San José, se erige el nuevo templo parroquial de forma circular y bendecido por el Nuncio Apostólico Mons. Lino Zanini en 1971.
Con el correr del tiempo y el aumento del fervor popular hacia la Inmaculada, no sólo de la comunidad parroquial sino también de otros lugares la parroquia es distinguida con un título muy especial. Monseñor Ildefonso María Sansierra, Arzobispo de San Juan de Cuyo, ennoblece el templo con el título de Santuario Arquidiocesano de la Inmaculada Concepción, un 8 de diciembre de 1977.