El departamento Albardón no tiene fecha de fundación ya que fue poblado desde la época de la Conquista. Nació tan sólo un año después de la fundación de San Juan, en 1563, con la construcción del Fortín de Las Tapias, erguido por los conquistadores para evitar posibles invasiones de indígenas del norte, apostados en Mogna y Jáchal.
Estas tierras ya eran cultivadas antes de la llegada de los españoles por los huarpes que contaban con un canal de riego conocido como la Acequia Huarpe, que seguía casi el mismo curso que el actual canal del norte, en cuyo inicio se levantó el fortín.
Esta zona era conocida como "Finca de Angaco", por la tribu que allí realizaba sus labranzas, que pasó a propiedad del segundo jefe de la expedición de Juan Jufré, Don Juan Eugenio de Mallea, al casarse con la hija del cacique Angacao, convertida al catolicismo con el nombre de Theresa de Ascencio y heredera esas tierras de su padre, títulos que se oficializaron por merced real otorgada por Luis Jufré el 21 de junio de 1593.
Años más tarde la nieta de Mallea donó la estancia a los Dominicos, quienes de a poco parcelaron y vendieron a distintas familias que se asentaron en la zona. El 2 de octubre de 1765, por cédula real expedida por el Maestre de Campo Don José Riveros, "Maiordomo de la Iglesia Matriz", las tierras donadas a los Dominicos pasaron a la Iglesia Central. Tras algunas disputas con el gobierno y cambios de autoridades en la iglesia, terminaron en manos privadas siendo los baños de La Laja el último territorio que perdiera la Iglesia, hasta no poseer nada.
El nombre Albardón proviene de "Las Albardas" monturas usadas por los conquistadores de forma curva y muy picuda. Dado que a orillas del río habían formaciones de barro y de pronunciados picos que replicaban esa forma, se las llamó "Los Albardones", por ende era la zona de los albardones o yendo para los albardones, que finalmente derivó en Albardón como nombre del departamento.
En 1855 la gente de la zona promovió un movimiento tendiente a levantar una villa y un templo pero sin éxito. En 1863 una comisión departamental insistió sobre el pedido a través de la Inspección General de Agricultura, al entonces gobernador Don Domingo Faustino Sarmiento, quien se hizo eco del pedido el 1 de diciembre de ese año con un decreto en el cual aprobaba la creación de una villa. Pero esta iniciativa también quedó frustrada tras el alejamiento de Sarmiento de la gobernación, tres meses después.
El 24 de enero de 1866 el gobernador Camilo Rojo, que había sucedido a Sarmiento, instrumentó el proyecto de ley por el cual se autoriza al Poder Ejecutivo a erguir villas en Albardón y Calingasta, en los puntos más convenientes.
El artículo quinto instruye que se llamará San Martín a la villa de Albardón y Maipú a la de Calingasta. Sin embargo la expropiación y el trazado no se hizo hasta ocho años después y fue realizado en terrenos que pertenecían en su mayor parte a don Juan Cobo y doña Juana Cantacala, donde tenían una hermosa plantación de higueras.
El 4 de noviembre de 1869 el gobierno provincial reestructura la división política de la provincia. En este acto se le cercena Ullum que hasta ese momento formaba parte de Albardón y se lo agrega a Marquesado.
Hasta 1872 los departamentos eran manejados por la Junta departamental constituida por tres vecinos regantes quienes formaban la Junta de Irrigación, que a partir del 30 de octubre de ese año se convirtieron en Juntas Municipales.
En 1883 se elevaron a la categoría de Intendencia Municipal, con sus respectivos Consejos deliberantes, con lo cual cada departamento adquiría verdadera autonomía y se les transfería el manejo de rentas, razón por la cual el 20 de diciembre de ese año se llevó a cabo la primera elección a Intendente municipal.
Resultó electo don Juan Videla como el primer intendente de Albardón, y como primer presidente del Consejo, el Sr. Agustín Sánchez.
En 1888 Albardón quedó destruido por segunda vez ya que en 1871 sufrió una catástrofe similar, al quedar bajo agua y barro por la crecida del río San Juan, por lo que a partir del año siguiente el gobierno provincial anunció la construcción de los diques Ávalos, Videla y Monla. Es decir espigones de contención que ayudaran a parar los embates del río.
También sufriría la furia de otros eventos naturales que destruyeron gran parte de las edificaciones como los terremotos del 27 de octubre de 1894 y del 15 de enero de 1944. Pero ninguna de estas catástrofes pudo detener el avance lento pero incesante del pueblo de Albardón.
En 1884 llegó el telégrafo y en 1914 el teléfono. Nueve años mas tarde, en abril de 1923, con un gran esfuerzo gubernamental se anunciaba el comienzo de la construcción del tren a Jáchal y siete años más tarde, el 1 de diciembre de 1930, sonaba por primera vez el silbato de la primera locomotora. Después llega hasta Cañada Honda el ferrocarril General San Martín con lo que Albardón disponía de dos líneas férreas.
En 1934 Albardón queda unido a Chimbas con la inauguración de un moderno puente de hormigón y acero, y el 24 de mayo de 1938 llegó al departamento la tan esperada electricidad, domiciliaria y pública.
Pero Albardón también fue pionero en educación, cultura y deportes. Ya en 1916 se fundó la Biblioteca popular San Martín (reconstruida tras caerse con el terremoto de 1944 y la cual contaba con mas de 10.000 libros). Ese mismo año se fundó el primer club de fútbol, llamado Argentinos del Norte y en 1938 se crea la Liga de Fútbol Albardonera.
La prensa por supuesto estuvo presente en Albardón a través de sus ilustrados ciudadanos quienes formaron ya en 1916 el primer semanario llamado "La Palabra" como órgano del Club Argentinos del Norte, a los que siguieron en 1918 "El Zonda", en 1921 "Albardón", en 1929 "Los Huarpes" y "El Cóndor" en 1932.
Hasta nuestros días Albardón es un ejemplo de progreso y noble trabajo de sus habitantes, que han superado con fervor los embates de la naturaleza y han forjado un departamento pujante y orgulloso, en donde se han instalado importantes bodegas y se cultivan las mejores uvas de Argentina y, según escuché, el mejor moscatel del mundo.